El Consejo Comunitario Mayor de la Asociación Campesina Integral del Atrato tiene como máxima autoridad la Asamblea General, de esta dependen directamente la Junta Directiva y el Comité Disciplinario, quienes cuentan para la toma de sus decisiones con un grupo de asesores Jurídicos y Técnicos multidisciplinarios quienes además de orientar a la Junta Directiva y el Comité Disciplinario, Elaboran y orientan proyectos que redunden en el beneficio de la comunidad.
Equipo Administrativo: Se encarga del buen funcionamiento de la sede y de la coordinación administrativa de las diferentes actividades que se desarrollan al interior de la sede y de las comunidades y al exterior del Consejo Comunitario Mayor, realizando labores que van desde la Secretaría, la Contabilidad, la Tesorería, pasando por la Administración de bienes y Enseres, llegando hasta el ejercicio del control sobre todas aquellas personas que hacen parte del equipo de Servicios Generales.
Equipo Operativo: Se encarga de ejecutar las labores que todo proceso determina como operativas, o de diseño y ejecución de proyectos. Para ello cuenta con las diferentes comisiones que de manera individual o conjunta trabajan en busca de objetivos claramente establecidos. Las comisiones existentes son: